La prima pietra fu messa da Papa Gregorio IX subito dopo la morte di San Francesco. Due anni dopo il corpo del Santo, fu deposto in segreto per paura dei cacciatori nella chiesa non ancora finita. La chiesa fu consacrata nel 1253.
Nella Chiesa Inferiore si ha accesso ad un transetto costruito nella seconda fase della costruzione. Tra il 1300 e il 1350 lungo la navata ed ai lati del transetto furono aperte delle cappelle, a metà della navata, delle scale conducono alla cripta contenente il sarcofago del Santo.
L‘altare maggiore risale al 1230, è circondato da 12 colonne. Le vele della volta raffigurano storie di S. Francesco.
Il braccio destro del transetto è stato decorato da Lorenzo Lorenzetti e rappresenta il tema iconografico della “Passione di Cristo”.
Sul lato sinistro, si trova la Cappella di S. Martino con bellissimi decori
Nella Chiesa Superiore l’unica navata termina con due bracci laterali e un‘abside. La chiesa inferiore con le sue architetture robuste da l‘idea di una cripta, mentre la chiesa superiore, slanciata e luminosa, si presenta in stile gotico. Il soffitto dell’intera chiesa è coperto da volte a crociera.
Salendo per le scale dalla chiesa inferiore, si accede a quella superiore. Le pareti della navata sono caratterizzati da una serie di 34 riquadri del Vecchio e del Nuovo Testamento.
Nelle pareti sotto alla galleria, 28 riquadri narrano la vita di S. Francesco.
La Basilica di
Santa Maria degli Angeli La Basilica è il dono che ricevette San Francesco dai Benedetti. L‘interno è costituita da tre navate, con delle cappelle laterali, infine con un transetto e con delle abside semicircolare. All’esterno, affreschi di Domenico Bruschi.
Dentro si trova anche il Museo della Basilica dove si possono ammirare moltissime opere.
Basilica di Santa Chiara La costruzione della chiesa iniziò nel 1257.
L‘interno è impostato come la chiesa superiore di S. Francesco cioè con una navata che termina con un transetto con abside poligonale.
L‘altare maggiore è racchiuso da 12 colonnine poligonali, con una cancellata in ferro. Nella crociera di sinistra, affresco grottesco.
Nella cripta, costruita nel 1850-72, si conserva il sarcofago con il corpo di S. Chiara.